In den Jahren 1712-1715 wurde an der selben Stelle eine größere Kirche im barocken Stil mit Wehrturm gebaut. Die Kirche wurde am Nikolaustag 1723 von Bischof Sirgenstein von Konstanz den heiligen St. Petrus und Paulus geweiht, die auch in den Kirchenfenstern dargestellt sind. Während der Schlacht bei Meßkirch am 5.Mai 1800 schlugen 3 Kanonenkugeln in die Kirche ein. Die Kugeln sowie eine Votivtafel der Schlacht sind zur Erinnerung in der Kirche aufgehängt. Am 13. Juli 1889 und am 14. Mai 1891 schlug der Blitz in die Kuppel des Turmes, riss ein Stück ab und nahm seinen Weg bis hinunter zum Altar ohne weiteren Schaden anzurichten. In der Nacht vom 25. auf 26. Dezember 1891 drohte die Kirche abzubrennen. Es gelang, das Feuer in letzter Minute zu löschen, der Schaden war aber sehr hoch. Unter anderem soll dadurch eine wertvolle Deckenmalerei vernichtet worden sein. Der Innenraum besitzt keine Dekoration. Deckenmalereien im Chorraum, die 1906 durch die Gebr. Metzger aus Überlingen angebracht wurden, sind bereits 1911 bei einem Erdbeben wieder zerstört worden. 1912 erfolgte der heutige Sakristeianbau.
In den Jahren 1935/36 wurde das Langhaus um 10 m verlängert. Es wurde ein wuchtiger Säuleneingang mit einer großzügigen Steintreppe angebaut. Der Neubau wurde unterkellert und als Luftschutzraum genutzt. Heute dient dieser als Pfarrsaal. Der barocke Hochaltar dürfte um 1722 entstanden sein und stand ursprünglich in der Franziskanerinnenklosterkirche in Unlingen. Die Malerei (Kreuzigung Christi) stammt von dem Sigmaringer Fidelis Wetz (1741-1820) einem typischen Vertreter der klassizistischen Malerei. Zwischen den mächtigen Säulen stehen die beiden lebensgroßen Statuen der beiden hl. Bischöfe Ulrich von Augsburg und Konrad von Konstanz. Die beiden Nebenaltäre sind um 1680 entstanden. Im Turm befinden sich eine Aveglocke aus dem Jahr 1513, sowie eine von 1827 und 1858. Die Kirche St. Peter und Paul ist eine der wenigen Gotteshäuser, in der die Erinnerung an den Rohrdorfer Ortsheiligen Eberhard von Rohrdorf (1160-1245) wachgehalten wird, einem der großen Äbte des Klosters Salem.
